Edge of Time é uma continuação direta de Shattered Dimensions, e da mesma forma, tem mais de um herói assumindo o papel de protagonista. Nesta versão, tem o clássico e incrível Homem-Aranha, e o Homem-Aranha 2099, vivendo em uma história repleta de viagens no tempo, batalhas temporais contra o temido Venom. Suas decisões vão decidir o seu futuro, podendo mudar todo rumo de sua história na pele de um herói.
No jogo, os jogadores podem coletar energia Chronal, uma forma de energia criada pelo tempo, isso permitirá a geração do paradoxo do tempo que congelará os inimigos por curtos períodos. Além disso, os dois Homens-Aranhas compartilham um vínculo telepático que abrange a vastidão do tempo e do espaço criados usando seu DNA, permitindo que eles se comuniquem.
Tome cuidado com suas decisões. Em Spider-man: Edge of Time suas ações do presente tem grandes mudanças no futuro, e isso pode mudar o rumo da história ao seu favor ou contra você. Você ira assumir o papel de mais de um Homem Aranha, que são o Classico e o de 2099 juntos em uma história repleta de viagem no tempo com batalhas temporais e o temido Anti-Venom.
Um vilão conhecido como Walker Sloan entra em cena com um plano para reconstruir o passado no presente do Homem Aranha Classico, porém isso acaba afetando ambos Homens Aranha. A partir desse inicio, o caos se desenrola em uma típica moda de quadrinhos, onde uma jogabilidade é dividida entre Amazing Spider Man e Spider Man 2099.
