Uma unidade desonesta das Forças Especiais dos EUA apelidada de "Mão Negra" uniu forças com um grupo terrorista chamado "Os Minutemen". Eles assumiram o controle de um vasto arsenal nuclear em uma instalação militar ultra-secreta no mar e apreenderam os códigos de ativação de uma arma conhecida apenas como "Projeto Poseidon". O destino do mundo está por um fio, e alguns tiques do relógio significam a diferença entre justiça e aniquilação. O jogador controla um dos 2 dos 3 membros da CRT (Crisis Response Team). Liderada pelo CO Jack Walcott, a nova equipe de assalto Winback é composta por três jovens, mas comprovados em combate, liderados por Craig Contrell. Cada membro da equipe é qualificado em seis tipos diferentes de armas e altamente adepto do CQC (Close Quarter Combat). O objetivo do jogador é completar 30 missões de ação, estratégia, furtividade, resgate, escolta e diversos tipos de objetivos essenciais para deter os terroristas.
O jogador não tem munição de pistola ilimitada, como em Winback. Várias armas são encontradas em um personagem desde o início ou em inimigos presos na forma de uma metralhadora, rifle sniper, granadas, claymores e assim por diante.
Além da atualização gráfica e do novo elenco de personagens, o principal recurso recentemente implementado neste jogo do Winback original é jogar com dois personagens diferentes por nível. O jogador opera como uma pessoa da Rota A e uma pessoa da Rota B, por exemplo. Craig e Mia, Nick e Craig etc. O parceiro na Rota A oferece um papel de apoio ao parceiro principal na Rota B, para destrancar portas e ajudar a eliminar inimigos em seu benefício. Depois de terminar cada nível pela primeira vez, o jogador passa por ele uma segunda vez como seu parceiro. Classificações que variam de A-D são fornecidas no final do nível com base no Tempo (tempo necessário para terminar um estágio), Prisões (o número de hostis levados sob custódia em vez de simplesmente mortos) e Pontos CRT (estes funcionam como pontos de saúde baseados em pontos. sistema, além de ser concedido ao jogador por resgatar reféns/ajudar seu parceiro na rota paralela).
