The Suffering joga como um jogo de tiro tradicional em primeira ou terceira pessoa, empregando os controles do primeiro, mas permitindo que os jogadores alternem entre os dois ângulos de câmera. As armas fornecidas ao jogador lembram as encontradas nas prisões: canivetes, revólveres, coquetéis molotov e uma grande variedade de armas menos comuns. No jogo, o jogador tem várias oportunidades de testar sua moralidade, geralmente na forma de uma pessoa que tenta sobreviver aos horrores da ilha. Na maioria dos casos, o jogador tem três opções: ajudar a pessoa (bom), matá-la (mal) ou permanecer indiferente à sua situação (neutro). Uma alucinação da esposa de Torque tentará convencê-lo a seguir o bom caminho nos casos óbvios, enquanto vozes demoníacas tentam coagir Torque a ser mau. O bem ou o mal, se feito corretamente, são indicados pela reação da esposa de Torque, enquanto a indiferença não tem resposta, pois é realizada fazendo com que alguém seja morto sem responsabilidade direta. Nem toda escolha moral tem todos os três resultados, nem sempre são tão claros; por exemplo, no asilo, Torque se depara com um agente penitenciário que perdeu os membros e está morrendo lentamente. Torque pode matar o homem para aliviá-lo de sua miséria, o que constituirá uma boa ação, ou deixá-lo em paz, o que constitui uma ação neutra, mas de forma alguma ele pode praticar um ato mau neste caso. As decisões tomadas em relação a essas oportunidades afetarão o final do jogo. O "nível de moralidade" de Torque é indicado pela foto de sua família no inventário, que fica mais limpa com as boas ações e mais suja com as más. Outra característica do The Suffering é a habilidade de Torque de se transformar em um monstro depois que seu medidor de insanidade foi preenchido matando outros monstros. Nesta forma, o Torque pode separar os inimigos e pode realizar um poderoso ataque de onda de choque. Quanto mais inimigos o jogador mata nesta forma, mais poderoso ele se torna. No entanto, a forma tem efeitos prejudiciais. Quanto mais tempo Torque permanecer dentro desta forma, mais dano causará à sua saúde. Permitir que o medidor de insanidade acabe resultará em morte. Torque não pode se curar até retornar à forma humana. Depois de completar o jogo, um nível de bônus fica disponível. Intitulado "Waiting to Die", o bônus é um nível de prelúdio que ocorre quando Torque chega pela primeira vez à ilha. Depois de completar o nível, o jogo começa normalmente. O comentário no nível, ativado ao tocar em um corvo que pousa em um canto da área de espera, explica que este nível foi originalmente planejado para ser o primeiro nível, mas foi cortado do jogo para fins de história durante a produção
