Teenage Mutant Ninja Turtles 3: O jogo é dividido em quatro seções, chamadas "Episódios" No episódio 1, as Tartarugas começam a salvar uma pessoa idosa na cidade de Nova York dos sádicos Triceratons. Depois de destruir três porta-aviões implantando o exército Triceraton, as Tartarugas vão para o subsolo para chegar ao Central Park para resgatar seus amigos Casey Jones e April O'Neil. Enquanto estão no parque, Leo, Ralph, Mikey e Don se defendem contra os Triceratons e o professor Honeycutt identificado como o Fugitóide salvo do TMNT 2 Battle Nexus ajuda as tartarugas a descobrir onde Casey Jones e April O'Neil estão mantidos em cativeiro. Invadindo a base do Triceraton, Zanramon, comandante-chefe do Triceraton, mobiliza um robô na tentativa de parar as Tartarugas e Traximus. A tentativa de Zaranmon é um fracasso e Traximus destrói uma cadeira para fazer mudanças em seu clã.
No episódio 2, as tartarugas descobrem uma nova tecnologia vinda de Baxter Stockman enquanto Mousers se infiltram no esgoto causando dor intensa nos ouvidos de Master Splinter. Enquanto protegem seu sensei, as tartarugas ninjas estão afastando os Mousers enquanto ficam perto dele. No entanto, Master Splinter acaba sendo capturado e as tartarugas usam hoverboards para perseguir uma van em movimento. Eles logo são bloqueados por uma dupla alta e pequena de inimigos para uma emboscada. Depois de passar por eles, as tartarugas retomam sua missão de resgate para o Mestre Splinter, eventualmente lutando com Bishop e tendo que usar estrelas de arremesso para quebrar uma fechadura para libertá-lo.
No episódio 3, as Tartarugas encontram todos os membros do Clã Foot nas missões. Hun, Karai e Oroku Saki, a identidade humana de Shredder, caem nas tartarugas. Para a batalha final com Saki, ele é atualizado como Exo Shredder. As tartarugas ninja o derrotam e são convocadas pelo conselho de Utrom para um tribunal. Ch'rell, o Utrom que controla o corpo de Shredder, é acusado de crimes tortuosos e exilado em um asteróide gelado chamado Mor Gal Tal, enquanto Karai e os outros são entregues às autoridades quando o jogo principal termina.
No capítulo Pesadelo, cada uma das tartarugas tem um sonho e encontra vários chefes. Concluir a maioria das missões neste capítulo leva ao chefe final do jogo, Ultimate Drako. Para usar os pergaminhos gembu para ativar as formas Ultimate Turtle, o jogador deve coletar pergaminhos e outros conteúdos no modo Free Battle.