Shinobido faz o jogador assumir o papel de um ninja amnésico que acorda e se encontra deitado na margem de um rio desconhecido. Na verdade, tudo é desconhecido, pois o homem descobre que não consegue mais se lembrar de sua identidade e não tem memória de sua vida ou situação até o ponto de recuperar a consciência. Encontrando apenas uma espada ao lado dele no chão, o homem tropeça em uma cabana isolada e aparentemente abandonada, apenas para ver uma flecha passar por sua cabeça e se alojar na parede externa da cabana. Assustado, o homem examina as árvores e a vegetação rasteira ao seu redor, mas então percebe uma carta anexada à flecha. A carta afirma que a pessoa que a escreveu é simplesmente um “espectador preocupado” e ainda identifica o homem amnésico como “Goh”, um ninja do clã Asuka, que foi exterminado no dia anterior. A carta informa Goh que suas memórias e alma foram de alguma forma roubadas e colocadas dentro de oito pedras místicas que foram espalhadas durante o ataque inicial à vila dos ninjas Asuka, e depois espalhadas por pessoas que localizaram e reivindicaram as pedras.
Usando a cabana degradada como base de operações, Goh deve localizar as pedras para recuperar sua memória e descobrir a verdade sobre a destruição do ninja Asuka. No entanto, esta tarefa monumental seria impossível sem a ajuda de aliados poderosos e conhecedores, e Goh é aconselhado pelo misterioso escritor da carta a ganhar a confiança e a proteção de um dos três poderosos senhores da guerra e líderes carismáticos nas suas proximidades. Goh é ainda aconselhado a começar sua busca no Castelo Utakata, onde reside o gentil e nobre Nobutero Ichijo. Ichijo e o ninja Asuka aparentemente mantiveram a paz juntos em Utakata. Com a destruição deste último, Utakata parece agora à beira da guerra, à medida que ambiciosos senhores da guerra vizinhos e líderes religiosos voltam a sua atenção para a província vulnerável. Goh deve decidir se confiará em Ichijo ou se se aliará a um dos outros líderes que disputam o controle da região.
