Jak and Daxter está de volta em outra aventura cheia de ação, mas ele não é o mesmo. Experimentos com o Dark Eco deram errado, deixando Jak com um lado sombrio incontrolável. Acompanhado por seu fiel amigo Daxter, libere os poderes das trevas em vários inimigos e testemunhe transformações surpreendentes. Armado com armas poderosas, um jetboard de alta tecnologia, um traje mecânico impenetrável e vários veículos à sua disposição, Jak and Daxter traz novos desafios aos jogadores em relação ao seu antecessor.
O jogo é do estilo plataforma em terceira pessoa, no qual o jogador controla Jak, o personagem principal. No entanto, no início do jogo, o jogador pode descobrir o modo Dark de Jak, que pode ser ativado quando o medidor de eco está cheio, e pode desencadear um conjunto de habilidades novas corpo a corpo mais indisciplinados, com eventuais poderes escuros como bomba, armas e várias outras habilidades que somente esse modo pode trazer.
Em The Lost Frontier, o jogador segue Jak, Daxter e Keira durante um período em que o suprimento ecológico mundial está acabando. Para procurar a causa, eles viajam para o que é conhecido como Brink, a extremidade do mundo que os Precursores não terminaram ao construí-la. Porém, não são as únicas facções interessadas no Brink, Jak deve lutar com os Sky Pirates enquanto briga para controlar seus próprios poderes ecológicos.
Sendo um jogo de plataforma tridimensional. o jogador controla o Jak, um humano construído de maneira atlética, que é capaz de se mover e lutar com extrema facilidade e objetividade. Durante grande parte do jogo, Jak também pilota aviões, que podem ser personalizados com armas e modificações, que são elementos importantes na sua jornada para te ajudar em várias missões e assim concluir seus objetivos.