Em Clock Tower 3 você encarna Alyssa Hamilton, uma adolescente de 14 anos que se encontra longe de sua casa em um colégio interno. Alyssa recebe então uma carta desesperada de sua mãe clamando para que se esconda imediatamente para sua própria segurança e que evite a qualquer custo retornar para sua casa. Como qualquer adolescente faria, a garota retorna imediatamente à sua casa em busca de sua querida. Ao chegar ao local, tudo que Alyssa encontra é uma casa aparentemente abandonada. Até que, subitamente, uma das portas se abre, liberando caminho para uma das salas da gigantesca mansão. A garota se assusta, e caminha até a sala, novamente desobedecendo a sua mãe e arriscando sua própria vida.
Um misterioso homem de traje preto encontra-se estático observando janela afora. Após alguns diálogos entre os personagens, o sinistro senhor encaminha-se até o segundo da casa e a cena se encerra. Neste momento você assume o controle da protagonista, que logo descobre estar envolvida em uma série de situações com espíritos e acontecimentos ocorridos em períodos alternativos na cidade de Londres. É interessante destacar que a história sempre sofre reviravoltas, fazendo com que o jogador se mantenha focado na trama.
